厦门从入夏开始到6月下旬都处于梅雨季。厦门属于亚热带海洋性季风气候，温和多雨，年平均气温在21℃左右，冬无严寒，夏无酷暑。年平均降雨量在1200毫米左右，每年5到8月份雨量最多，风力一般3到4级，常向主导风力为东北风。
厦门地形以滨海平原、台地和丘陵为主。厦门地势由西北向东南倾斜，地势地貌构成类型多样，有中山、低山、高丘、低丘、台地、平原、滩涂等。西北部多中低山，其中位于同安与安溪交界处的云顶山海拔1175.2米，为全市最高的山峰。从西北往东南，依次分布着高丘、低丘、阶地、海积平原和滩涂，南面是厦门岛和鼓浪屿。云顶山为厦门市最高峰，云顶岩为厦门岛最高峰，日光岩为鼓浪屿最高峰。
厦门海域包括厦门港、外港区、马銮湾、同安湾、九龙江河口区和东侧水道。厦门港外有大金门、小金门、大担、小担等岛屿横列，内有厦门岛、鼓浪屿等岛屿屏障，是天然的避风良港，其海岸线蜿蜒曲折，全长234千米，其中12米以上深水岸线约43千米，适宜建港的深水岸线约27千米。
