新疆生产建设兵团是一个“准军事实体”，设有军事机关和武装机构，承担国家赋予的屯垦戍边职责，实行党政军企合一体制，是在自己所辖垦区内，依照国家和新疆维吾尔自治区的法律、法规，自行管理内部行政、司法事务，在国家实行计划单列的特殊社会组织，受中央政府和新疆维吾尔自治区双重领导。
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新疆生产建设兵团是新疆维吾尔自治区的重要组成部分，分布地域与蒙古、哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦3国接壤。新疆生产建设兵团的管理体系主要有兵团、师、团三级。兵团和师均设政治委员、司令员或师长三个主要职位。兵团司令部设在乌鲁木齐市，曾经迁至石河子市，后又迁回乌鲁木齐市。兵团的师大都与自治区的地区行政中心分别对应，由相应的地委书记兼任师第一政委。师另设专职的政治委员和师长。
新疆生产建设兵团的人员大都是从中国人民解放军第一野战军的第一兵团和第二十二兵团转业而来。兵团的党务和税收事务由新疆维吾尔自治区分管，而行政、司法、经济、财政等则由中央政府管理并依照国家法律自行管理内部的行政、司法事务。在统计方面，兵团的人口和面积一般都计入地方政府的统计中（兵团城市除外），但国民生产总值等则单独列出，不计入新疆维吾尔自治区的数据。
