1、根腐病
该病主要发生于夏季多雨时期，症状表现为植株根部及其根状茎处首先发生腐烂，然后逐渐蔓延到地上部，使得皮层变为褐色，最后导致植株枯萎死亡。
2、防治方法
集中烧毁病株，在病穴上撒石灰以消毒，或施用50%多菌灵500倍液来浇灌病穴。
3、枯萎病
该病多发于6月中旬至7月上旬这段时期，表现为最初叶片及叶梢部下垂，呈青枯状，最后根部腐烂，全株枯死。
4、防治方法
清除并集中烧毁病残株，以消灭越冬病菌；雨后及时疏沟排水；结合喷药向叶面喷施磷酸二氢钾，以提高植株的抗病性。
5、褐斑病
该病属于真菌病害，以危害藿香叶片为主，一般发生于5-6月份，特别是雨季危害严重，症状表现为叶面上出现了近圆形的病斑，中间呈淡褐色，边缘则为暗褐色，且长出淡黑色的霉状物。
6、防治方法
摘除并集中烧毁病叶，防止其他叶面也受到感染。
7、斑枯病
症状表现为叶片两面都长有多角形病斑，最初直径大约为1-3毫米，叶色变黄，严重情况下病斑汇合，导致叶片枯死。
防治方法：发病初期可以每隔一礼拜喷洒一次50%瑞毒霉1000倍液，连续喷2-3次。
