菌体不可以在普通冰箱中存放，温度不稳定，感染源接触偏多。
微生物在使用和传代过程中容易发生污染、变异甚至死亡，因而常常造成菌种的衰退，并有可能使优良菌种丢失。
菌种保藏的重要意义就在于尽可能保持其原有性状和活力的稳定，确保菌种不死亡、不变异、不被污染，保持菌株优良性状不退化，保持优良菌株存活，以达到便于研究、交换和使用等诸方面的需要。
保存菌体常用的冷冻保存法有以下几种：
1.低温冰箱保存法(-20℃、-50℃或-85℃)
低温冷冻保存时使用螺旋口试管较为方便，也可在棉塞试管外包裹塑料薄膜。保存时菌液加量不宜过多，有些可添加保护剂。此外，也可用φ5mm的玻璃珠来吸附菌液，然后把玻璃珠置于塑料容器内，再放入低温冰箱内进行保存的。
2.干冰保存法(-70℃左右)
即将菌种管插入干冰内，再置于冰箱内进行冷冻保存。
3.液氮保存法(-196℃)：
是适用范围最广的微生物保存法。
