1、系统性疾病因素：扁平苔藓患者多伴有各种不同的全身性疾病或症状，不少患者发病及病情发展与某些系统疾病存在有关，这是常见的扁平苔藓的病因。
2、局部刺激因素：不同金属修复体在口内形成电位差。另外，充填物的刺激等，可引起口腔黏膜苔藓样改变。
3、遗传因素：有人发现本病有家族史倾向，不少学者进行了家系发病研究，但系谱分析不符合单基因遗传规律。现多从HLA(人类白细胞抗原)方面进行研究。在家族性扁平苔藓患者所携带的HLA型基因，明显高于非家族性扁平苔藓的对照组，说明扁平苔藓的病因可能与遗传因素有关。
4、微量元素：近年来注意到微量元素在人体内具有特异的生理功能及与扁平苔藓的病因有关。如缺锌小鼠的黏膜可发生不有效角化，棘层增厚，上皮可有不典型增生。但扁平苔藓患者血清锌多正常，补锌治疗也未取得明显效果，故有人认为扁平苔藓不全角化为非本质的继发性的变化。锰对维护线粒体功能有着重要作用，并与它的形成有关。
