1、外形不同
黄鳍金枪鱼：成鱼体长最大可达3米，体重可达225公斤，一般大的可达2米，重100公斤以上，体纺锤形，最大叉长可超过2米。体最高处在第一背鳍基底中部处。第二背鳍及臀鳍前部鳍条延长。胸鳍中长，其末端达第二背鳍起点下方。鳃耙26~34枚。体背部深蓝色，腹部黄色到银色，常有一些横行条纹。背、臀鳍和小鳍均淡黄色，边缘黑色。
蓝鳍金枪鱼：其长度一般为200厘米左右，最大可达458厘米，重量大约150公斤，最大可达684公斤。而且它的下侧与腹面银白色有无色的与列的无色点一起轮流的横切线。第一背鳍是黄色或蓝色的；第二个红褐色的；臀鳍与离鳍暗黄色而且有黑色边缘了
2、背鳍颜色不同
蓝鳍金枪鱼第一背鳍为黄色或蓝色，黄鳍金枪鱼背鳍为红褐色。
3、其他
蓝鳍金枪鱼是目前经济价值最大，体型最大的金枪鱼，而黄鳍金枪鱼则是目前产量最多的金枪鱼。
