1、个人和公司申请的审查过程、申请时限、申请难易度是没有差别的。
2、个人申请归个人所有，与公司无关，职务发明由个人申请容易产生专利权属纠纷；公司申请权益归公司所有，无权属纠纷，在高新技术企业认定、公司上市做价方面比较易操作。
3、个人申请如果经济困难的话可以享受减免，减缓前三年所交年费，只要交15%；公司申请的话费用较贵，但在部分地区可以享受政府补贴。
4、个人申请的话不利于品牌宣传，公司申请有利于企业品牌宣传，利于后期融资。
5、个人申请可以享受减免缓、在部分在区有政府资助；公司申请在部分地区可享受政府补贴、利于评优、申报高新技术企业、进行专利质押等等。
6、从费用上看，似乎个人申请更好一些，但如果针对企业，从长远上看还是以公司名义申请更好。
