1、胸腺和淋巴结
多肽营养不良时首先受害的器官和组织是胸腺和淋巴组织。胸腺体积缩小，重量减轻，皮质和髓质界限不清，细胞数目减少。脾脏和淋巴结的大小、重量、组织结构、细胞密度和成分也都有明显的退行性改变。如果伴有感染，淋巴组织则进一步萎缩。实验证明当给多肽营养缺乏的动物补充肽营养后，胸腺组织能恢复正常。
2、细胞免疫
细胞免疫是指T淋巴细胞参与形成的免疫力。多肽营养缺乏时，胸腺等组织萎缩，T细胞的生长受到影响。细胞免疫功能下降不仅表现为T细胞数量减少，而且机能也发生障碍。
3、吞噬细胞
严重肽蛋白营养缺乏者，嗜中性白细胞总数不变，但其功能有变。细胞的趋化性正常或略减慢，吞噬活动正常，只是对细胞内吞入的微生物的杀伤能力减弱。如果及时补充肽，一两周后吞噬细胞功能可逐渐恢复。
4、其他免疫系统
多肽活性营养缺乏时某些非特异性防御能力也有显著变化，如血浆，眼泪，唾液及其他分泌物中溶菌酶活性降低，粘膜上皮细胞组织变形，粘膜补获和纤毛运动改变，干扰素生成减少等，都可影响宿主的易感染性。
